Η Σύρος είχε κατοικηθεί ήδη από τους προϊστορικούς χρόνους (3η π.Χ. χιλιετία), όπως αποδεικνύουν ευρήματα στις περιοχές Χαλανδριανή και Καστρί. Ειδικά στη Χαλανδριανή βρέθηκαν περισσότεροι από 600 τάφοι με κτερίσματα ενώ στο Καστρί βρέθηκε οχυρωμένος οικισμός με σημαντική αστική και εμπορική δραστηριότητα.

Στη διάρκεια της δεύτερης π.Χ. χιλιετίας το νησί φαίνεται ότι πέρασε διαδοχικά υπό τον έλεγχο των Φοινίκων, της μινωικής Κρήτης, των Μυκηνών και τέλος, στις αρχές της πρώτης π.Χ. χιλιετίας, των Ιώνων. Στην Οδύσσεια αναφέρεται ως Συρίη, πλησίον της Δήλου. Την εποχή της ακμής του κλασικού κόσμου το νησί είχε δευτερεύουσα σημασία, εντάχθηκε πάντως στην αθηναϊκή συμμαχία.

Τη βυζαντινή περίοδο η απειλή της πειρατείας είχε ως αποτέλεσμα ο κόσμος να εγκαταλείψει τα μικρά και απροστάτευτα νησιά (όπως η Σύρος). Το 1204 με την επικράτηση των Βενετών στο Αιγαίο, δημιουργήθηκε ο πρώτος αξιόλογος οικισμός, η Άνω Σύρος, οι κάτοικοι της οποίας ασπάστηκαν τον Καθολικισμό. Η κατάσταση διατηρήθηκε ως το 1579 οπότε ο Χαϊρεντίν Μπαρμπαρόσα κατέλαβε το νησί για λογαριασμό της Πύλης. Όμως ο σουλτάνος Μουράτ ο Γ' συμφώνησε με τους συριανούς άρχοντες στην παραχώρηση μιας σειράς προνομίων (όπως χαμηλότερη φορολόγηση και θρησκευτική ελευθερία) που επρόκειτο να συμβάλουν καθοριστικά στο μέλλον του νησιού.